Учитывает ли сервис платную приемку?

Да, учитывает автоматически, вносить руками не нужно.

Примечание: платная приемка по Ozon входит в "Прочие удержания" и не отображается в отдельном виджете в Оцифровке, поэтому там всегда будет 0.

По Wildberries все данные будут отображены в виджете "Платная приемка"